Το Μουσείο Παιδείας από το 2013 σχεδιάζει και υλοποιεί εκπαιδευτικά προγράμματα για μαθητές Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης, τα οποία έχουν σχεδιαστεί με βάση τις ηλικιακές και μαθησιακές ανάγκες τους.
Τα εκπαιδευτικά προγράμματα είναι προσαρμοσμένα στις αρχές μάθησης 4 θεωριών: της κονστρουκτιβιστικής, της κοινωνικοπολιτισμικής, της βιωματικής και της ανακαλυπτικής. Οι θεωρίες αυτές υιοθετούνται σήμερα από την επιστήμη της Μουσειοπαιδαγωγικής και αξιοποιούνται στα προγράμματά μας με στόχο να στηρίζουν το εκπαιδευτικό έργο του Μουσείου, αλλά και να δημιουργούν ένα περιβάλλον για τους μαθητές στο οποίο θα συμμετέχουν ενεργά εμπλουτίζοντας τη γνώση τους και αναπτύσσοντας τις δεξιότητές τους.
Στο πλαίσιο αυτό, οι μαθητές εμπλέκονται σε δημιουργικές και καλλιτεχνικές δραστηριότητες, ώστε να κατανοήσουν και να αφομοιώσουν πιο εύκολα όσα το Μουσείο στοχεύει να τους μεταδώσει και κυρίως να διασκεδάσουν μέσα από αυτές.